Jan Dueze został wybrany na papieża na początku okresu tzw. niewoli awiniońskiej papieży, po dwukrotnym podejściu do konklawe i trwającym ponad dwa lata (od kwietnia 1314 roku) interregnum, 7 sierpnia 1316 roku. Czasy były dla Urzędu Piotrowego niełatwe: zbuntowany lud rzymski, despotyczny pretendent do godności cesarskiej, za którymi stali ideolodzy pragnący wskrzesić dawny cezaropapizm, upadek autorytetu papiestwa po konflikcie Bonifacego VIII z królem Francji Filipem Pięknym, który kazał mu się stawić na sobór i odpowiadać na zarzut herezji, zakończonym sponiewieraniem papieża w Anagni przez francuskich wysłanników i ród Colonnów, konflikt rozdzierający powstały niecałe sto lat wcześniej zakon franciszkański, wreszcie powtarzające się, coraz głośniejsze oskarżenia kolejnych papieży o rzekomą herezję.

Gdy urodzony w roku 1249, w Cahors, Jan, wcześniej biskup Frejus w Prowansji (1300), Awinionu (1310) i kardynał – biskup Porto (1312) został koronowany w Lyonie, 5 września 1316 roku trwał w najgorsze spór w zakonie minorytów, w którym na sztandarach pojawił się ideał ubóstwa z odwołaniem się do przykładu Chrystusa i apostołów. Zwolennicy surowego życia, których ruch rozszerzył się po Italii i południowej Francji występowali przeciw decyzjom wcześniejszego papieża Klemensa V. Powstał wyjęty spod dyscypliny zakonnej ruch fratricelli, dochodziło nawet do przejmowania siłą klasztorów franciszkanów „konwentualnych”. Ideologiem radykałów był urodzony w roku 1259 Hubertyn (Ubertino) z Casale. Za Benedykta XI zakazano mu nauczać w Perugii i wysłano do klasztorów na górze Alwerna, gdzie Hubertyn napisał książkę Drzewo ukrzyżowanego życia Jezusa Chrystusa o prawidłowej jego zdaniem wykładni reguły św. Franciszka i ubóstwa Chrystusowego, przy okazji przypisując dwom papieżom – Bonifacemu VIII i Benedyktowi właśnie rolę bestii i fałszywego proroka z Apokalipsy zapowiadających czasy końca. Mimo to Hubertyn był wzywany do Awinionu na rozmowy podczas pontyfikatu Klemensa V a potem Jana XXII, który wyraził zgodę na jego przejście do benedyktynów (1317), lecz ponieważ Ubertino nadal podżegał franciszkanów „spirytualnych” do oporu rok później go ekskomunikował. Ponownie do Awinionu Jan XXII zaprosił go w  marcu roku 1322 w celu wysłuchania jego opinii w debacie o ubóstwie (Hubertyn odpowiedział że Chrystus i Apostołowie posiadali mienie w takim zakresie jak rządzili Kościołem, lecz nie jako osoby indywidualne – por. The Catholic Encyclopedia, hasło: Fratricelli) i przez kolejne lata nawet przebywał w Awinionie – do roku 1325 gdy został oskarżony o herezję i Jan XXII nakazał jego zatrzymanie. Wówczas uciekł, przypuszczalnie na dwór głównego wroga papieża – Jana XXII.

W roku 1317 ich nowy generał, sprzyjający frakcji radykalnej, Michał z Ceseny zwrócił się do Jana XXII o rozwiązanie sporu a ten nakazał w październiku tegoż roku buntownikom podporządkowanie się swym przełożonym (bulla Quorundam exigit) i obiecał zbadać sprawę. Wydany na koniec grudnia 1317 roku dokument Sancta Romana ogłaszał ekskomunikę na fratricellich, braci ubogiego życia, beginów i samowolnie działające grupy, podszywające się pod zakon franciszkański. W styczniu 1318, w Gloriosam Ecclesiam potępił szereg doktryn „spirytualistów” jako błędnych. Michał z Ceseny wspierany przez Huberyna z Casale i Wilhelma Ockhama nie złożyli broni. Jak wyżej wspomniano, w marcu roku 1322 Jan XXII postanowił ponownie otworzyć debatę teologiczną w kwestii ubóstwa Chrystusa i Apostołów (dekret Quia nonnumquam). Podczas kapituły generalnej franciszkanów w Perugii, na wiosnę 1322 postanowiono podjąć działania w celu rozgłoszenia propozycji, popieranej m.in. przez Berengara z Talonu (który wystąpił w obronie pewnego begarda oskarżonego w Narbonnę przez miejscowego inkwizytora dominikańskiego o herezję – por. The Catholic Encyclopedia, hasło: Fratricelli), iż  Chrystus i Apostołowie nie mieli żadnej własności ani indywidualnie, ani wspólnie. Uzasadniano ją m.in. powołując się na wcześniejszy dekret Mikołaja III Exiit qui seminat (1279), w którym papież uznał że wszystkie domy i ziemie zajmowane przez franciszkanów stanowią nie własność zgromadzenia tylko Kościoła (co wcześniej, w roku 1245 przewidywała także bulla Innocentego IV), potwierdzający taki pogląd i zakazujący dalszej debaty teologicznej w tej sprawie. Franciszkanie pod przywództwem Michała z Cesseny podnosili, że bulla Exiit miała walor niezmiennej decyzji papieskiej. Wobec rozpropagowania przez franciszkanów po Europie ich stanowiska, Jan odpowiedział działaniem praktycznym – w grudniu 1322 w bulli Ad conditorem zrzekł się w imieniu papieży własności wszystkich dóbr, którymi zarządzali franciszkanie, co postawiło ich w zupełnie nowej sytuacji: jako ich właścicieli. W roku 1323 wskazał że kwestia dyscypliny franciszkańskiej należy do prawodawstwa, które może być zmieniane jeśli okazuje się że statuty ogłoszone przez poprzedników przynoszą więcej szkody niż pożytku. W listopadzie 1323 roku, w bulli Cum inter nonnullos Jan XXII potępił pogląd, iż Chrystus i Apostołowie nie posiadali żadnej własności czy to indywidualnej czy wspólnej. Franciszkanie protestowali że wykładnia tam przedstawiona jest sprzeczna z Pismem Świętym oraz narusza, dogmatyczny i niezmienny ich zdaniem, charakter dokumentu Mikołaja III (oraz wcześniejszych papieży). Swojego protektora znaleźli w skonfliktowanym z Janem XXII, który nie chciał go uznać za króla Niemiec, Ludwiku Bawarskim. Tzw. deklaracja z Sachsenhausen (maj 1324) zarzucała papieżowi herezję w sprawie franciszkanów i zmianę decyzji poprzednika. Papieża nazywano tu i ówdzie „heretykiem fałszywie określającym się jako Papież Jan XXII”, „antychrystem”, sięgano po apokaliptyczne wywody potępionego Piotra Oliviego, nazywając Kościół Rzymski narzędziem antychrysta. W lipcu 1324 Jan XXII ogłosił ekskomunikę króla Ludwika. Z drugiej strony pisano też apele do Awinionu by papież zmienił zdanie, podnosząc iż dokument Mikołaja III wskazał wiążąco odnośnie reguły franciszkańskiej: „oto ewangeliczna reguła Chrystusa, naśladująca Apostołów, którzy nie mieli nic na tym świecie jako własnego lub własnego na wspólność lecz używane rzeczy mieli po prostu w używaniu” (cyt. za: https://franciscan-archive.org/bullarium/qquor-e.html). Próbę podważenia ewangelicznej podstawy franciszkańskiego ubóstwa krytykowali też franciszkanie „konwentualni”. W listopadzie 1324 Jan XXII wydał kolejny dokument z incipitem: Qui qorundam mentes, podsumowujący i rozszerzający wcześniejsze dekrety dotyczące kwestii ubóstwa. W tym dokumencie przedstawił dość jurydyczny pogląd na naturę papiestwa, roszcząc sobie prawo do zmiany (jak w przypadku kanonicznego prawa pozytywnego) dekretów swych poprzedników. Doszło zatem do sytuacji, w której atakujący papieża franciszkanie bronili niezmienności papieskich rozstrzygnięć (cyt. z bulli: „to co rzymscy papieże zdefiniowali poprzez klucze poznania w zakresie wiary i moralności, raz na zawsze, trwa niezmiennie w takim stopniu, że następca nie ma prawa poddawać tego ponownie w wątpliwość ani stwierdzać czegoś przeciwnego” – abstrahując czy słusznie tj. czy dokument Mikołaja III nie należał jednak do podlegających zmianie kwestii dyscyplinarnych dotyczących ich zakonu), zaś dyscyplinujący ich papież unikał uznania dokumentów poprzedników za definiujące artykuły wiary. Jak pisał Jan XXII: „jak nam mówią, gdzie czytają stwierdzenia tego rodzaju że odnosi się to do wiary i moralności, że Chrystus i Apostołowie nie mieli tych rzeczy, które mieli inaczej jak w zwykłym używaniu faktycznym? Zaiste nie odnosi się to bezpośrednio do wiary albowiem nie jest to żaden artykuł który ma być rozumiany jako taki, jak to jest jasne w symbolach, w których są zawarte artykuły wiary, ani nawet pośrednio jeśli nie jest to zawarte w Piśmie Świętym (…) Albowiem nie można tego uznać w odniesieniu do Pisma Świętego lecz odkrywa się coś przeciwnego”. Ostatecznie (por. T. Turley: Infallibilists in the Curia of Pope John XXII) teologowie tacy jak dominikanin o. Piotr de la Palu przekonali papieża Jana XXII by przy okazji starcia z franciszkanami nie szedł nadmiernie w stronę zmienności decyzji papieskich i zasad rządzących prawem kanonicznym np. takich jak Par in parem non habet imperium (tj. równy nie ma władzy nad równym sobie)

W tym samym roku 1324 miała miejsce kolejna, po wspomnianym już siłowym rozwiązaniu konfliktu Filipa Pięknego z Bonifacym VIII, próba obalenia pozycji papieskiej i pozycji Kościoła, najpierw ideologiczna, w ślad za czym poszła praktyka. Ludwik von Pastor w swojej monumentalnej Historii papieży (t. 1) opisuje pokrótce ową próbę przewrotu czy też wskrzeszenia pogańskiego, orientalnego, despotycznego ideału wszechpotężnego państwa jaką uciekinierzy na dwór Ludwika Bawarskiego przygotowali równolegle do akcji fratricellich pod egidą Hubertyna z Casale. Mowa oczywiście o opublikowanym w roku 1324 Defensor pacis czyli dziele dwóch wykładowców uniwersytetu w Paryżu epoki po poniżeniu przez Filipa Pięknego Bonifacego VIII – Marsyliusza z Padwy i Jana de Janduna, potępionym przez Jana XXII w bulli Licet juxta doctrinam z jesieni 1327 roku. Jak pisze von Pastor o Defensor pacis:

„Dzieło to pełne gwałtownych inwektyw przeciw Janowi XXII ‘wielkiemu smokowi i pradawnemu wężowi’ głosi bezwarunkową suwerenność ludu. Należy do niego władza prawodawcza, która jest wykonywana przez wybranych przedstawicieli oraz nominację władzy wykonawczej przez owych przedstawicieli. Panujący jest jedynie narzędziem legislatywy (…) Jurysdykcja władzy świeckiej rozciąga się nawet na określenie liczby ludzi, która ma znajdować zatrudnienie w różnych cechach lub zawodach. Wolność osobista nie ma więcej miejsca w państwie Marsyliusza niż miała w Sparcie. Jeszcze bardziej radykalne (…) są poglądy dotyczące doktryny Kościoła i rządu nad Kościołem wyłożone w tym dziele. Jedyną podstawą wiary i Kościoła jest Pismo Święte, które nie czerpie swego autorytetu od Kościoła, lecz przeciwnie nadaje mu to co posiada. Jedyną prawdziwą wykładnię Pisma stanowi nie ta pochodząca od Kościoła, lecz ta najbardziej rozumnych ludzi, tak iż Uniwersytet w Paryżu może okazać się nadrzędny nad Kurią Rzymską. Kwestie dotyczące wiary powinny być rozstrzygane nie przez papieża lecz sobór powszechny. Ów sobór powszechny jest nadrzędny nad całym Kościołem i zwołuje go Państwo. Powinien być złożony nie tylko z duchowieństwa, ale i świeckich wybranych przez lud. W zakresie urzędu wszyscy kapłani są równi wedle Prawa Bożego, żaden z nich nie znajduje się wyżej niż inni. Cała kwestia rządu nad Kościołem jest kwestią praktycznych potrzeb a nie wiary koniecznej do zbawienia. Prymat papieża nie znajduje podstawy w Piśmie ani Prawie Bożym, stąd też, według Marsyliusza, jego władza może pochodzić wyłącznie od soboru powszechnego i prawodawstwa Państwa a do wyboru papieża władza soboru potrzebuje zatwierdzenia przez Państwo (…) Papież reprezentuje władzę wykonawczą, podczas gdy najszerszy zakres władzy prawodawczej należy do soboru. Jednakże znacznie wyższa i bardziej wpływowa pozycja w kościele Marsyliusza jest należna cesarzowi: zwoływanie i kierowanie soborami, może też karać kapłanów i biskupów a nawet papieża. Duchowni polegają doczesnym trybunałom za naruszenie prawa zaś papież nie jest zwolniony spod sądów karnych (…) Jak potem Kalwin Marsyliusz uznaje że cała sądowa i prawodawcza władza w Kościele należy do ludu i zostaje przezeń delegowana na duchownych (…) Teoria wyłożona w Defensor Pacis w kwestii omnipotencji Państwa i, w następstwie, unicestwienia wszelkiej indywidualnej i kościelnej wolności, znacznie przewyższyła śmiałością, nowatorskim charakterem i ostrością wszystkie poprzednie ataki na pozycję i ustrój Kościoła. W praktyce doktryna ta skopiowana ze starożytności oznaczała obalenie wszystkich istniejących instytucji oraz rozdział Kościoła od Państwa. Wiele fragmentów tego dzieła szło znacznie dalej niż późniejsze wypowiedzi Wiklefa i Husa a nawet te Ludra i Kalwina, za których poprzednika może zostać uznany Marsyliusz. Wielka Rewolucja francuska była częściową realizacją jego projektów (…) Ludwik Bawarski przyjął dedykację książki, która przedstawiała te doktryny światu i promulgował polityczne zasady o tak wątpliwym charakterze, jednak Marsyliusza czekał jeszcze większy triumf. Wraz z antypapieskimi franciszkanami oraz włoskimi gibelinami udało mu się nakłonić Ludwika do marszu na Rzym oraz zaangażowania w rewolucyjne wypadki roku 1328. Przyznanie cesarskiej korony przez lud rzymski, ogłoszenie przezeń złożenia papieża z urzędu oraz wybór antypapieża – minoryty Piotra da Corvara stanowiły praktyczne skutki nauczania Defensor Pacis.”

W kwietniu 1328, w Rzymie zwolennik Ludwika Sciara Colonna ogłosił w jego imieniu Jana XXII heretykiem, uzurpatorem i uciskającym Kościół. Spalono wizerunek papieża i jak wyżej wspomniano – 12 maja, również w imieniu Ludwika Bawarskiego, ogłoszono „papieżem” Piotra z Corbario (Corbary), który zaczął się posługiwać imieniem Mikołaja V. Również tym samym roku 1328 były generał franciszkanów – Michał z Ceseny, zwolennik Ubertina z Casale, który w maju tegoż roku znalazł się po ucieczce z Awinionu, dokąd udał się w grudniu 1327 na wezwanie papieża Dueze, wraz z innym franciszkaninem – nominalistą Wilhelmem Ockhamem na dworze Ludwika. Stamtąd ogłosił apel o zwołanie soboru przeciw Janowi, którego oskarżał o herezję w sprawie ubóstwa Chrystusa i Apostołów, wyliczając rzekome błędy z papieskich dokumentów: Ad conditorem, Cun inter nonnullos, Quia quorundam mentes. Jan XXII odpowiedział ekskomuniką Ludwika Bawarskiego (ponowną) i ogłoszeniem przeciw niemu krucjaty a także ekskomuniką (i depozycją z urzędów) Michała z Ceseny oraz Ockhama. W czerwcu 1329 kapituła generalna franciszkanów pod przewodnictwem tymczasowego wikariusza kardynała de Turre wybrała nowego generała, posłusznego papieżowi o. Gerarda Odonisa. Przeciw zwolennikom Michała z Cesseny, nazwanych michaelitami, podjęto procesy o herezję.

Tymczasem zmienny lud rzymski, który wcześniej tak gorąco witał Ludwika, wobec ucisku fiskalnego zwrócił się przeciw niemu oraz z prośbą do papieża o pojednanie. Schizma Marsyliusza i Ludwika zakończyła się zatem dość szybko – 25 sierpnia 1330 antypapież Pietro da Corvara stawił się w Awinionie i złożył publicznie przed Janem oraz jego kardynałami wyznanie winy, prosząc o przebaczenie, które wraz z pocałunkiem pokoju otrzymał, lecz musiał pozostać trzy lata w mieście, odbywając pokutę. W tym samym roku Ludwik Bawarski został zmuszony do powrotu do Niemiec i rozpoczął za pośrednictwem m.in. króla Czech Jana Luksemburskiego negocjacje z kurią papieża Dueze dotyczące pojednania. Jan XXII żądał wyraźnego zrzeczenia się przez niego pretensji do tytułu cesarza.

W roku 1331 sytuacja ponownie się zaostrzyła z winy samego Jana – Jan XXII w cyklu swych kazań w Awinionie, rozpoczętym w listopadzie tegoż roku, zaczął głosić koncepcję wizji uszczęśliwiającej, zgodnie z którą błogosławieni mieli jej doświadczać dopiero od Sądu Ostatecznego a którą ukuł jeszcze przed wprowadzeniem na Katedrę Piotrową. Jak się wydaje kard. Dueze poszedł to za pewnymi błędami wschodnimi, podczas gdy św. Tomasz z Akwinu, którego osobiście kanonizował w lipcu 1323 roku jako Jan XXII (i czytał, glosując manuskrypty jego dzieł – por. np. , miał w tej kwestii inne zdanie, choć Jan przejął od Akwinaty podkreślanie, że człowiek stanowi złożenie duszy i ciała, ergo, według wywodów papieża Dueze, może cieszyć się jej ostatecznym kształtem dopiero po zmartwychwstaniu ciał.

Chrześcijańska Europa zamarła w zdumieniu. Niepojednany z Janem Michał z Ceseny, wyrzucony z zakonu (kwiecień 1331) od razu wykorzystał sytuację, formułując kolejny dokument z oskarżeniami o to, że Jan jest uporczywym heretykiem i apelem o zwołanie soboru (Michał zmarł ostatecznie w Bawarii, w roku 1342, poza zakonem, pod opieką Ludwika, przywódcą tej grupy po jego śmierci został twórca nominalizmu Wilhelm Ockham, który również zmarł w Bawarii, siedem lat później). Bardziej koncyliacyjnie – do osoby nie poglądu, nastawieni byli dominikanie, ci franciszkanie, którzy nie przeszli do obozu Ludwika oraz teologowie z Uniwersytetu Paryskiego. Choć stanowczo zaprotestowali przeciw wyrażanemu przez Jana stanowisku, uznając je za błądzenie doświadczonego kanonisty ale niezbyt wnikliwego teologa, zwrócili się by papież Dueze wycofał się ze swoich twierdzeń. Tu należy podkreślić iż Jan bronił się (m.in. w liście do króla Francji Filipa V z listopada 1333), że jego tezy wygłoszone w kazaniach nie są doktrynalną decyzją, lecz jedynie spekulacją, zaś inni teologowie mają swobodę wywodów w tej kwestii jako nie rozstrzygniętej wiążąco przez Kościół i otwartej na debatę. W grudniu 1333 roku teologowie paryscy po rozważeniu tematu na polecenie wspomnianego Filipa V wygłosili opinię, że katolicką doktryną jest że dusze błogosławionych cieszą się wizją uszczęśliwiającą Boga od razu po śmierci lub po ich oczyszczeniu i zwrócili się do papieża, skoro nie głosił swych poglądów jako oficjalnego nauczania, lecz prywatną opinię by potwierdził ich decyzję. Jednoznaczną opinię na ten temat wydał też „tomista” i dominikanin o. Jan z Neapolu (Quaestiones, q. 41, a. 2), zarzucając poglądom Jana zbliżenie się do „greckiej herezji” oraz przeprowadzając analizę wcześniejszych wypowiedzi doktorów Kościoła takich jak św. Augustyn i św. Grzegorz Wielki.

W odpowiedzi Jan zwołał w Awinionie komisję teologów by zbadali pisma patrystyczne i rozważyli kwestię zaś podczas konsystorza 3 stycznia 1334 zarzekał się, że nie miał zamiaru nauczać niczego przeciwnego wierze katolickiej i nie chciał niczego w tej kwestii definiować. Jednak swej opinii nadal próbował bronić, m.in. cytatami z Pisma Św. i wycofał się z niej dopiero dzień przed śmiercią (por. Chartularium II, nb 987; zmarł 4 grudnia tego samego roku), oświadczając: „wierzymy, że oczyszczone dusze oddzielone od ciał są w niebie, królestwie niebieskim i raju, i razem z Chrystusem w zgromadzeniu anielski, i oglądają Boga (…) w Bożej istocie twarzą w twarz jasno jak jest to właściwie stanowi i sytuacji duszy odłączonej [od ciała]”, odwołując jednocześnie wcześniej głoszone przeciwne poglądy. Ostatecznie nauczanie Kościoła w tej kwestii zdefiniował, zgodnie z opinią paryskich teologów, jego następca Benedykt XII w konstytucji Benedictus Deus z 29 stycznia Roku Pańskiego 1336: „oczyszczone dusze są w niebie z Chrystusem, cieszą intuicyjną i bezpośrednią wizją istoty Boga a zatem są faktycznie błogosławione i posiadają życie wieczne oraz odpoczynek. Ta wizja i szczęśliwość będzie trwała do Sądu Ostatecznego i potem. Potępieni idą po śmierci do piekła.”